Става дума за допълнителното проектиране на два надлеза, жп подлез и виадукт. Одиторите считат, че необосновано високи разходи са заложени в строителството на допълнителните обекти, като те надхвърлят значително дори разходите по същите дейности за основния проект. Например в първия случай арматурата на куб. метър бетон е 185 кг, докато при основния е 103 кг. Друг недостатък е че добавените дейности не са извадени от основната поръчка. Според одиторите, грешката е в размер на почти 4 млн. лв. върху цялата сума, като през 2014 г. от нея са били платени 22 млн. лв., следователно корекцията трябва да е 1.25 млн. лв. Останалите трябва да бъдат приспаднати от бюджета за 2015 г.

680 хил. лв пък е глобата за поръчката за допълнително усилване на Лот 1 с "механична стабилизация на обособени участъци по трасето в резултат на форсмажорни обстоятелства".  По тази поръчка печеливш е другият изпълнител - "Пътстрой-92" АД, който е взел 5.7 млн. лв. за да се справи с преовлажняването на почвата. Одиторите посочват, че в първоначалния вариант на изискването, са били посочени брой самосвали, валяци и челни товарачи, на които изпълнителят да отговаря. В последствие, те са намалени - например от 30 бр. самосвала над 30 тона, изискването е паднало на 30 броя над 20 тона. После се е оказало, че това удобно облагодетелства "Пътстрой-92", които са разполагали с 6 бройки над 25 тона, 3 бройки над 23 тона и само 21 над 40 тона. Още по-любопитно е, че оценителната комисия не е изискала от "Пътстрой-92" да докажат че отговарят на първото, по-тежко условие, но е изискала това от другия участник в процедурата. Това е неравно третиране, заключават одиторите, в резултат на което се налага 10% корекция.

От одитния доклад става ясно също, че през май месец 2013 г. ОЛАФ е започнал работа по сигнал за проведената процедура за избор на строителен надзор по Лот 1, Лот 2 и Лот 4. Сигналът е в процес на проверка.

Бавната бърза линия Пловдив-Бургас

По отношение на линията Пловдив-Бургас, която се изпълнява от консорциума Джи Си Еф-СК 13–Трейс Рейлинфра, на обща стойност почти 320 млн. лв., одиторите констатират недостатъци при възлагането. Според тях има ограничителни условия при поръчката, които смесват изисквания за оборот и изисквания за опит. Според ЗОП, не може да се обвързват минималните стойности на оборота, стойностите на договорите и минималния брой проекти, които се искат от дадени участници, защото така се влияе на конкуренцията. Този недостатък е оценен на 5% от разходите по проекта и тъй като те до момента са сравнително ниски, тази корекция е 1.7 млн. лв. Тя обаче може да расте заедно с разходите и да се окаже доста сериозен проблем за държавната НКЖИ.

Другият потенциално голям проблем за националната компания е изключителното забавяне - към проверката миналата година, проектът още не е бил завършен и е бил удължен със 166 дни с мотиви, които според одиторите не са адекватни, защото засягат известни още в самото начало строителни дейности. Ако няма доказателства за необходимостта от удължаване на срока или наложена санкция за забавянето, предупреждават одитарите, възложителят ще влезе в нарушение и ще бъде санкциониран за това. Проблемът е отново, че сумата по договора е огромна и евентуални санкции ще разтърсят сериозно НКЖИ.

При метрото, одиторите констатират, че има наложена и неотчетена още корекция в размер на 1.5 млн.лв от предишния одит за участъка, като искат от Управляващия орган да я наложи.